福尔马林固定的组织有可能破坏了原来组织的抗原结构，蛋白多肽发生交联，导致部分抗原表位封闭，结合位点减少，所以需要抗原修复，以暴露原来的抗原表位，达到充分显露抗原，以不出现明显脱片现象为佳。
抗原修复常用以下几种方法：
1. 高压热修复：在沸水中加入EDTA(pH8.0)或0.01M枸橼酸钠缓冲溶液（pH6.0），盖上不锈钢锅盖，但不能锁定。将玻片置于金属染色架上，缓慢加压，使玻片在缓冲液中浸泡5min，然后将盖子锁定，小阀门将会升起来。10min后除去热源，置入凉水中，当小阀门沉下去后打开盖子。此方法适用于较难检测或核抗原的抗原修复。（骨及软骨组织的标本最好选择较温和的微波加热修复）
2. 沸热修复： 电炉或水浴锅加热0.01M枸橼酸钠缓冲液（pH6.0）至95℃左右，放入组织切片加热10-15min。
3. 微波炉加热：在微波炉里加热0.01M枸橼酸钠缓冲液（pH6.0）至沸腾后将组织芯片放入，断电，间隔5-10min，反复1-2次。根据情况可参考采用微波加热“3-5-3法”3分钟温火沸腾后静止5min，再温火沸腾3min即可。
4. 酶消化方法：常用0.1%胰蛋白酶和0.4%胃蛋白酶液。胰蛋白酶使用前预热至37℃，消化时间约为5-30min。