识别区域的选择原则一般说来最理想的抗原性识别区域应具备亲水、位于蛋白表面和结构上易变形性等特点。既要考虑其免疫原性、特异性，还需考虑其合成难度等。通常有以下几点建议：
1、序列长度在8-20个氨基酸残基之间（如果太短，就有多肽太特殊、所产生的抗体与天然蛋白之间的亲和力（结合能力）不够强的风险，同样，如果序列长度超过20，将有可能引入二级结构，所产生的抗体失去特异性的可能，而且肽链越长，通常合成难度增大，不易获得高纯度的产品）；
2、尽可能是在蛋白表面；
3、保证该段序列不形成α-helix；
4、N，C端的肽段比中间的肽段更好；避免蛋白内部重复或接近重复段的序列；
5、避免同源性太强的肽段；
6、交联可以交联在N，C两端，选择依据就是交联在对产生抗体不太重要的一端；
7、序列中不能有太多的Pro，但有一两个Pro有好处，可以使肽链结构相对稳定一些，对产生特异性抗体有益。